Deckengemälde
Das Marienleben beginnt mit dem Hauptgemälde Tota pulchra es Maria ... ganz schön bist Du, Maria, und kein Makel ist an Dir. Es ist das Patroziniumsbild; die Patronin der Pertolzhofener Kirche wurde seit Jahrhunderten die Schöne Maria genannt, Patrozinium ist am 8. Dezember, dem Tag der Unbefleckten Empfängnis Mariens.
Das Bild in der linken Stichkappe über dem Beichtstuhl bezeichnet das Volk als »Maria im Badwannl«; es ist die Darstellung von Maria Geburt. In der Stichkappe über dem Eingang zum romanischen Turmgewölbe sehen wir die Darstellung Marias im Tempel. Maria opfert sich für den Tempeldienst. Ihre Eltern begleiten sie bis zu den Stufen des Tempels, sie allein steigt empor und wird vom Priester mit ausgebreiteten Armen empfangen. Bei diesem Bild fällt die Gestalt eines Mannes auf, der seitlich an der Brüstung lehnt und in keinem Zusammenhang mit der Handlung steht.
Wenn wir die Kirche betreten, so blickt der Mann im blauen Kittel auf die Eltern Marias, stehen wir im Chorraum, so schaut er auf das zweite Hauptgemälde im Gewölbe, Mariae Himmelfahrt. Der Maler Merz hat sich hier selbst dargestellt. Aber auch die Eltern Marias verändern ihre Haltung. Stehen wir am Eingang der Kirche, so sehen sie uns an, gehen wir zum Hochaltar, so folgen sie uns mit ihren Blicken. Merz wandte hier die im Barock beliebte Zentralperspektive an. Das Bild in der linken Stichkappe der Kirchenmitte fällt auf durch die Leichtigkeit der Bewegungen, die fast graziöse Formgebung: Mariae Verkündigung. Das Vorbild ist die Verkündigungsplastik von Ignaz Günther im Kloster Weyarn. Die Übereinstimmungen gehen bis ins Detail.
Über die Vermählung Mariens und den Besuch bei Elisabeth führt uns der Maler zum zweiten Hauptgemälde, Mariae Himmelfahrt. Maria schwebt, von Engeln begleitet, in den sich öffnenden Himmel, zurück bleiben die Jünger und ein leeres Grabtuch. Auf dieses zeigt ein Mann, der uns anblickt, wo immer wir uns im Kirchenraum aufhalten.
Der thematische Abschluss der Lebensgeschichte Mariens war das Altarbild von der Krönung Mariens auf dem linken Seitenaltar. Das Bild wurde 1886 von Pfarrer Daubenmerkel ohne kirchliche Erlaubnis entfernt. Er wollte kein Mariengemälde auf dem Seitenaltar, »weil der Hochaltar schon Maria darstellt«. Sein Nachfolger ließ 1896 einen Großteil des Kirchengewölbes blau übermalen und mit Sternchen übersäen. Erst 1936 und 1972 konnten die Bilder wieder aufgedeckt werden.